Głównymi kierunkami działalności naukowej Instytutu Zootechniki i Rybactwa są:
- Intensyfikacja produkcji zwierzęcej w oparciu o dostępne zasoby paszowe,
- Ocena krajowych surowców i dodatków paszowych,
- Poprawa jakości surowców zwierzęcych zgodnie z wymogami Unii Europejskiej,
- Doskonalenie metod oceny wartości użytkowej zwierząt gospodarskich,
- Możliwości poprawy cech użytkowych różnych gatunków zwierząt gospodarskich,
- Badania nad czynnikami warunkującymi jakość mleka surowego produkowanego w warunkach gospodarstw indywidualnych,
- Badania nad cechami funkcjonalnymi i ich znaczeniem dla użytkowości zwierząt,
- Wykorzystanie metod genetycznych do opracowania programu hodowlanego uwzględniającego możliwości produkcji żywca
o dobrej jakości mięsa, - Badania nad wartością użytkową różnych ras zwierząt jako rezerwy genetycznej w krajowej hodowli zachowawczej,
- Wykorzystanie metod cytogenetycznych do oceny wartości użytkowej zwierząt gospodarskich,
- Badania nad populacjami wybranych gatunków zwierząt futerkowych, szacowanie efektywności różnych metod ich oceny i selekcji, obiektywizacja oceny ich pokroju oraz wpływ ferm na środowisko naturalne
- Badania nad efektywnością rozrodu oraz optymalizacją warunków higienicznych i środowiskowych zwierząt udomowionych i dzikich